当4S店遇到车辆被淹的情况时，应该采取以下步骤进行处理：

1.确保安全：首先要确保自身安全，检查是否有漏电等危险情况，并迅速将车辆移离淹水区域，避免进一步损坏。

2.contact保险公司：及时与车主contact并告知保险公司，提供车辆被淹的情况，并遵循保险公司的指示进行后续处理。

3.勿启动发动机：切勿启动发动机，因为淹水可能导致引擎受损，启动发动机可能会进一步损坏车辆。

4.清理内部：将车辆内部的泥浆、淤泥等清理干净，包括座位、地板、仪表板等。可以使用吸尘器、湿布、清洁剂等工具进行清洁。

5.检查电气系统：由于淹水可能导致电气系统损坏，需要检查电路、电线、保险丝等是否受损。如有问题，应由专业技师进行修复。

6.检查机械系统：检查车辆的机械系统，包括发动机、传动系统、刹车系统等，确保没有受到淹水的损坏。如有问题，应由专业技师进行修复。

7.防腐处理：淹水可能导致车辆的金属部件生锈，因此需要进行防腐处理，可以使用防锈剂进行处理。

8.测试车辆：修复完毕后，进行全面的测试，包括行驶测试、刹车测试、电气系统测试等，确保车辆恢复正常运行。

9.提供维修建议：根据车辆的具体情况，向车主提供维修建议，包括需要修复的部件、可能存在的问题以及预防措施等。

需要注意的是，以上步骤仅为一般处理方法，具体情况还需根据车辆型号、淹水程度以及保险公司的要求等因素进行调整。最重要的是在处理过程中确保车主的安全和利益，并遵循相关法律法规。