为了保护第三方支付系统的安全，以下是一些常见的措施：

1. 强化身份验证：使用多因素身份验证，如密码、指纹识别、面部识别等，以确保只有授权用户才能访问支付系统。

2. 加密通信：使用安全套接层（SSL）或传输层安全性（TLS）等加密协议，保护支付数据在传输过程中的安全。

3. 安全开发实践：采用最佳的安全编码实践，如输入验证、数据加密、异常处理等，以减少安全漏洞的风险。

4. 定期安全审计：对支付系统进行定期的安全审计和漏洞扫描，及时发现和修复潜在的安全问题。

5. 风险监测和反欺诈系统：使用风险监测和反欺诈系统来检测异常交易模式、欺诈行为和可疑活动，以及实时阻止或报告可疑交易。

6. 安全培训和意识提高：对支付系统的操作人员进行定期的安全培训，提高他们对安全威胁的认识和应对能力。

7. 安全合规性：遵守相关的法律法规和行业标准，如支付卡行业数据安全标准（PCI DSS），确保支付系统符合安全合规性要求。

8. 客户教育：向用户提供有关保护个人信息和支付安全的指导，包括不轻易透露个人信息、定期检查交易记录等。

9. 严格的权限管理：对支付系统的访问权限进行严格控制和管理，确保只有授权人员才能进行敏感操作。

10. 备份和灾难恢复计划：定期备份支付数据，并建立有效的灾难恢复计划，以确保在系统故障或灾难事件发生时能够快速恢复运行。

这些措施的综合应用可以有效保护第三方支付系统的安全，提升用户信任度，防止潜在的风险和欺诈行为。