保罗·艾伦离开微软的原因主要是因为健康问题。在2009年，艾伦被诊断出患有霍奇金淋巴瘤，这是一种影响淋巴系统的癌症。为了专注于治疗和康复，艾伦决定暂时离开微软，并在2010年正式辞去了董事会成员的职务。

尽管艾伦在治疗期间一直对微软保持着兴趣和密切关注，但他并未重新回到公司担任全职工作。然而，他仍然保留着微软的股份，并继续以投资者的身份参与公司的决策。

艾伦离开微软的结果是，他将更多的时间和精力投入到了他的慈善事业上。艾伦成立了保罗·G·艾伦慈善基金会，致力于推动科学、技术、教育、社区发展和野生动物保护等领域的项目。他还投资了许多其他领域，包括房地产、体育和媒体等。

总体来说，保罗·艾伦离开微软是为了集中精力治疗自己的疾病，并将更多的资源用于他的慈善事业和其他投资领域。他的离开并没有给微软带来太大的影响，微软仍然保持着其在科技行业的领先地位。